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Les Almanachs (entre 1539 et 1549): mêlant des prévisions météo avec des conseils pour les cultures des plantes et des légumes , ces almanachs connurent un succès certain auprès des paysans de l'époque. On trouvait également dans ces almanachs, des conseils médicaux et de beauté. L'édition d'almanachs de ce genre était courante à l'époque. Ces almanachs se décomposaient en deux séries:
La première série avait pour titre : "Almanach pour l'an ... avec les présages calculés et expliqués par M. Michel Nostradamus, docteur en médecine, astrophile de Salon-de-Craux, en Provence". Un quatrain prophétique s'appliquait à toute l'année. Il y avait ensuite un quatrain pour chaque mois. Pour chaque jour de l'année, se trouvaient des prédictions météorologiques.
La seconde série avait pour titre : "La grande pronostication nouvelle avec portenteuse prédiction pour l'an ... par M.Michel Nostradamus, docteur en médecine à Salon-de-Craux en Provence".
Traité des confitures et fardements (1552): résultat des recherches de Nostradamus dans le domaine de l'alchimie végétale, ce traité décrit des recettes de confitures médicamenteuses destinées à guérir.
Les Centuries (Mai 1555): cette oeuvre, la plus célèbre du prophète, se compose de 975 quatrains, mais aussi de présages et de sixtains, répartis comme suit (dans l'ordre des éditions de 1555, 1557 et 1568):
La lettre à son fils César : en introduction aux Centuries, cette lettre est une sorte de mise en garde à l'adresse de ses futurs exégètes.
Centurie I : 100 quatrains.
Centurie II : 100 quatrains.
Centurie III : 100 quatrains.
Centurie IV : 100 quatrains.
Centurie V : 100 quatrains.
Centurie VI : 100 quatrains et un quatrain rédigé en latin à la fin de cette Centurie.
Centurie VII : 46 quatrains.
La lettre au Roy Henry.
Centurie VIII : 108 quatrains.
Centurie IX : 100 quatrains.
Centurie X : 100 quatrains.
Centurie XI : 2 quatrains.
Centurie XII : 11 quatrains.
Présages : 141 présages.
Sixains : 58 sixains.
La première édition de 1555 comportait la lettre à son fils César, trois centuries complètes, plus 53 quatrains de la centurie IV.
La seconde édition de 1557, inclut cette fois toutes les centuries I à X ainsi que la lettre au Roy Henry. Les centuries inachevées XI et XII, non publiées, seront retrouvées après sa mort.
L'édition de 1568 inclut les présages et les sixains.
Traduction de la "Paraphrase" de Paracelse (1557).
Les Hiéroglyphes de Horapollo: dédié à la princesse de Navarre, cette ouvrage (découvert récemment), est une interprétation des hiéroglyphes égyptiens.